היחסים בין אינדונזיה לטורקיה נטועים עמוק בהיסטוריה, והחלו כבר במאה ה-12, אז סייעו חכמי אסלאם טורקים בהפצת הדת באינדונזיה, כיום המדינה המוסלמית המאוכלסת ביותר בעולם. טורקיה הייתה בין המדינות הראשונות שהכירו באינדונזיה ב-1949, פתחה שגרירות בג'קרטה ב-1957, ובשנת 2011 שדרגו שתי המדינות את הקשרים לשותפות אסטרטגית, תוך שיתוף פעולה באו"ם ובאיגוד מדינות דרום-מזרח אסיה. מבחינה כלכלית, הייצוא האינדונזי לטורקיה הגיע ב-2016 לכ-1.49 מיליארד דולר (שמן דקלים, גומי וקוקוס), בעוד שהייצוא הטורקי לאינדונזיה עמד על כ-386 מיליון דולר (קמח חיטה וטבק מעובד). הקשרים האנושיים כוללים כ-2,400 אינדונזים החיים בטורקיה וכ-400 טורקים באינדונזיה, ובשנים 2017-2018 אף העניקה טורקיה 65 מלגות לימודים לסטודנטים אינדונזים. שתי המדינות מחזיקות שגרירויות זו אצל זו בבירותיהן, ג'קרטה ואנקרה, מה שמבטא את עומק הקשר הדיפלומטי בין שתי המעצמות המוסלמיות האזוריות.