تُعرَف فترة حكم مصر لأراضي السودان وجنوب السودان باسم السودان التركي المصري، والتي امتدت من غزو محمد علي باشا عام 1820 حتى سقوط الخرطوم بيد الثورة المهدية عام 1885. كانت دوافع الغزو متعددة، منها صد الأطماع الأوروبية، والحصول على الذهب والجنود السودانيين الأشداء، وتأمين مجرى النيل، والقضاء على المماليك الهاربين. قاد الحملة الأولى إسماعيل باشا ابن الوالي بجيش ضم 4500 مرتزق تركي وأرناؤوطي ومغربي (دون أي جنود مصريين) متجهاً نحو سنار، بينما تحرك جيش آخر نحو كردفان ودارفور، مستفيدين من ضعف السلطات المحلية وخلوها من الأسلحة النارية. كما لعبت الاتصالات والوعود دوراً في الغزو، إذ عاونهم الشيخ بشير ود عقيد بعد أن وعدوه بإعادته إلى مشيخته. واختتمت هذه الحقبة بشكل مأساوي في عام 1885 عندما أعلن محمد أحمد نفسه المهدي المنتظر وسيطر على الخرطوم، مُنهياً قرناً كاملاً من الهيمنة العثمانية المصرية على السودان.