البنك الأهلي المصري (الخرطوم) هو فرع مستقل تأسس في 22 مارس 2012م، ويقع مقره الرئيسي في شارع إفريقيا بالعمارات، وقد افتُتح بحضور رسمي رفيع المستوى شمل نائب الرئيس السوداني علي عثمان محمد طه ورئيس الوزراء المصري هشام قنديل. يهدف البنك إلى تعزيز العلاقات الاقتصادية بين مصر والسودان عبر تمويل المشروعات ودعم المستثمرين في البلدين، ويبلغ رأسماله نحو 50 مليون دولار، كما قام باستصلاح نحو 5 آلاف فدان ضمن أنشطته الاستثمارية. يتميز البنك باستقلاليته الكاملة عن البنك الأم، ويخطط لفتح فروع في مختلف أنحاء السودان، وقد دشّن مؤخراً نظام "ETHIX" للحلول المصرفية الإسلامية المتوافق مع متطلبات البنك المركزي السوداني. يضم البنك حالياً 40 عاملاً، ويقدم خدمة عملاء عبر خط ساخن، ويسعى من خلال هذه الأنشطة إلى توسيع التجارة بين البلدين وتقديم خدمات مصرفية متطورة للمستثمرين المصريين والسودانيين.