Ο Παναθηναϊκός Β΄ ιδρύθηκε το 2021 ως η εφεδρική ομάδα της ΠΑΕ Παναθηναϊκός, με στόχο να αγωνιστεί στη Super League 2, το δεύτερο τη τάξει πρωτάθλημα της χώρας. Ήταν μία από τις μόλις 4 εφεδρικές ομάδες που έλαβαν ειδική έγκριση από την ΕΠΟ, πραγματοποιώντας το ντεμπούτο της την αγωνιστική περίοδο 2021-2022. Κατά τη σύντομη πορεία της, χρησιμοποίησε ως έδρες το εμβληματικό Ολυμπιακό Στάδιο Αθηνών και το ιστορικό γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης (Λεωφόρος), ενώ φιλοξένησε επίσης παιχνίδια σε Ασπρόπυργο, Καισαριανή και Ριζούπολη. Το 2024 η ομάδα γνώρισε τον πρώτο της υποβιβασμό, όμως η διοίκηση της Π.Α.Ε. αποφάσισε να μην την κατεβάσει στην Γ΄ Εθνική, οδηγώντας την σε διάλυση έτσι μετά από μόλις τρία χρόνια ζωής. Έτσι, το εγχείρημα των «πράσινων» Β΄ αποτέλεσε μια σύντομη πειραματική προσπάθεια ανάπτυξης ταλέντων στο ελληνικό πρωτάθλημα, η οποία όμως δεν απεδειχθή βιώσιμη αγωνιστικά.