A Pakai FC 1952. november 28-án alakult meg Pakai Kinizsi SK néven, majd 1993-ban a Pakai SE és az Atomerőmű SE egyesítésével jött létre mai formájának alapja, végül 2006-tól viseli a Pakai FC nevet (2011 és 2014 között MVM Pakai). A csapat az 2006–07-es idényben debütált az NB I-ben, ahol már az első mérkőzésén 2–1-re győzött Vác ellen, és azóta megszakítás nélkül tagja az első osztálynak. A kezdeti években olyan ismert játékosok erősítették a gárdát, mint a korábbi gólkirály Tököli Attila, valamint a vezetőedői székben Lengyel Ferencet a korábbi szövetségi kapitány, Gellei Imre váltotta. A legnagyobb diadalait az elmúlt időszakban érte el a klub: kétszeres Magyar Kupa-győztes (2023–24, 2024–25), és az NB I-ben 2023–24-ben valamint 2010–11-ben is ezüstéremet szerzett. A Pakai FC ezzel mára a magyar labdarúgás egyik meghatározó vidéki egyesületévé vált.