EncFS는 FUSE 기반의 무료(LGPL) 암호화 파일 시스템으로, 임의의 디렉터리를 암호화된 저장 공간으로 사용해 파일을 투명하게 암호화한다. 원본 디렉터리와 마운트 지점을 활용하며, 파일 이름과 데이터를 암호화하고 비밀번호로 해독되는 볼륨 키를 사용한다. 개발자 발리앙 고흐는 2024년 5월 이 프로젝트를 휴면 상태로 선언하고 gocryptfs 사용을 권장했다. 주로 홈 폴더 암호화(eCryptfs 대안), 클라우드 스토리지(Dropbox 등), 이동식 디스크 보안에 사용되며, 교차 플랫폼 지원, 비트 부패 감지, 확장 가능한 저장 공간 등의 장점이 있다. 그러나 2014년 보안 감사에서 공격자가 암호문의 여러 스냅샷을 확보하면 취약하다는 지적이 있었고, 1.8 버전에서 설계 변경이 있었지만 우려는 남아 있다. 또한 암호화로 인해 파일 이름이 길어져 최대 190바이트로 제한되며, 파일 개수와 크기 등 메타데이터가 노출되는 단점도 있다.