Сезон 2020/2021 стал для «Краснодара» 13-м в истории: команда стартовала в 10-м чемпионате России и 13-м розыгрыше Кубка страны, получив путёвку в Лигу чемпионов благодаря бронзовым медалям прошлого сезона. В разгар сезона, 6 апреля 2021 года, главным тренером стал Виктор Гончаренко, сменивший Мурада Мусаева, а титульным спонсором клуба стала букмекерская компания Winline (техническим — Puma). В еврокубках «Краснодар» стартовал с раунда плей-офф Лиги чемпионов, пробился в группу E, но, заняв там 3-е место, продолжил выступление в Лиге Европы, где дошёл до 1/16 финала. В Кубке России клуб стартовал сразу с 1/8 финала, а в чемпионате боролся за высокие места, при этом вторая команда («Краснодар-2») выступала в ФНЛ. Трансферная кампания была сбалансированной: расходы составили около €6,8 млн, а доходы — €6 млн, что отражает умеренную активность на рынке. Ключевыми фигурами сезона оставались президент Сергей Галицкий и генеральный директор Владимир Хашиг, обеспечивавшие стабильность клуба на фоне смены тренерского штаба.