Mikrop teorisi, hastalıkların gözle görülemeyen mikroorganizmalar (patojenler) tarafından oluşturulduğunu savunan bilimsel görüştür. Bu teori, 1546'da Girolamo Fracastoro ile temellendirilmiş, ancak 19. yüzyıla kadar Galen'in miazma (kötü hava) teorisi baskın kalmıştır. Louis Pasteur'ün 1850'lerdeki çalışmaları ve Robert Koch'un 1880'lerdeki katkılarıyla mikrop teorisi kabul görmeye başlamış ve miazma teorisini geride bırakmıştır. "Mikrop" terimi; bakteriler, mantarlar, virüsler ve hatta prionlar gibi hastalık yapıcı tüm ajanları kapsar. Antik çağlarda Thukididis ve Varro gibi isimler hastalıkların bulaşıcı olabileceğini öne sürmüş, ancak bu görüşler uzun süre göz ardı edilmiştir. 1890'larda virüslerin keşfiyle başlayan "bakteriyolojinin altın çağı", birçok hastalığın gerçek nedenlerinin tanımlanmasını sağlamıştır.