Nella stagione 2006-2007, il Taranto Sport ha disputato il girone B della Serie C1, chiudendo al 5º posto con 56 punti. La squadra, guidata da Gianfranco Degli Schiavi, ha raggiunto la semifinale dei play-off contro l'Avellino, ma è stata eliminata nonostante due vittorie casalinghe per 1-0, a causa del miglior piazzamento in classifica degli irpini (secondi con 66 punti). Nel girone di andata il Taranto aveva raccolto 29 punti (4ª posizione), mantenendosi costantemente nelle prime cinque posizioni nel ritorno, ma senza riuscire a centrare la promozione nel momento decisivo di fine maggio. I principali marcatori della stagione sono stati Alessandro Ambrosi con 9 reti e Andrea Deflorio con 8 reti. Nelle coppe, il Taranto ha superato il Catania nel primo turno di Coppa Italia Nazionale, prima di essere eliminato dal Brescia; nella Coppa Italia di Serie C ha eliminato la Vibonese, ma è stato estromesso dal Martina Franca nel secondo turno. La promozione diretta in Serie B è andata al Ravenna (69 punti), mentre l'Avellino ha vinto la finale play-off contro il Foggia.