iTunes Store åbnede den 28. april 2003 som en onlinebutik, hvor brugerne kan købe musik og overføre den til deres iPhone, computer eller iPod. Butikken startede med omkring 200.000 numre og indgik aftaler med store pladeselskaber som EMI og Universal, men Apple har også været under juridisk pres fra EU for at gøre tjenesten mere tilgængelig. I Danmark åbnede butikken den 10. maj 2005, men den danske udgave er begrænset – her kan man fx ikke købe TV-udsendelser eller kortfilm. I dag rummer butikken over 5.000.000 sange samt lydbøger, spillefilm, musikvideoer, podcasts og spil til iPod. Butikken opnåede hurtigt store milepæle: Den solgte over 1 million sange på de første fem dage, og allerede i december 2003 var der solgt mere end 25 millioner sange. Efter en lang strid om rettighederne blev Beatles-kataloget tilgængeligt i 2007, og butikken findes nu i mere end 21 lande.