El Fútbol Club Barcelona Femenino "B" es el equipo filial de la sección femenina del club, con sede en Sant Joan Despí, y fue fundado en 2001 tras integrar al Club Femení Barcelona en su estructura deportiva. Desde 2008 compite en la segunda categoría del fútbol español, donde ha conquistado seis campeonatos de la Primera Federación Femenina, aunque al ser filial no puede ascender a Primera División ni disputar la Copa de la Reina. Su época más brillante comenzó en la temporada 2015-2016, cuando se proclamó campeona de su grupo de Segunda División de forma invicta, una racha que se prolongó durante los dos años siguientes. En 2021, el club reactivó el proyecto de La Masia femenina, y el 1 de agosto de ese año nueve jugadoras de las categorías inferiores ingresaron a la residencia de Sant Joan Despí para compaginar fútbol y estudios. El equipo disputa sus partidos como local en la Ciudad Deportiva Joan Gamper y forma parte de una estructura que incluye otros conjuntos formativos como el Juvenil-Cadete, Infantil y Alevines.