Kütahyaspor, 23 Mayıs 1966'da Dumlupınarspor, Dağcılık, Kütahya Gençlik ve Alayunt Gençlik takımlarının birleşmesiyle kurulmuş; 26 Mayıs'ta tüzüğünün yayımlanmasıyla resmen faaliyete geçmiş ve mavi-lacivert renkleriyle Kütahya'yı 2. Lig'de temsil eden köklü bir futbol kulübüdür. Profesyonel ligdeki ilk maçına 19 Eylül 1966'da Şekerspor karşısında çıkan takım, ilk golünü Ertuğrul Çağlar ile kaydetmiş; aynı sezon ilk galibiyetini de Toprakofis'e karşı elde etmiştir. 1969-70 sezonunda Türkiye Kupası'nda yarı finale yükselerek tarihinin en büyük başarısını yaşayan ekip, bu turda Eskişehirspor'a elenmiştir. Ancak 1975-76'da 3. Lig'e düşen Kütahyaspor, 1978-79'da terfi maçlarını kazanarak geri dönmüş ve inişli çıkışlı performansıyla dikkat çekmiştir. Bu süreçte zaman zaman amatör lige kadar düşse de kulüp, mücadelesini sürdürerek bölgesel futbolun önemli simgelerinden biri olmuştur.