Musim 2025-26 menjadi musim ke-98 bagi Persebaya Surabaya sekaligus musim ke-8 berturut-turut di kasta tertinggi setelah promosi dari Liga 2 pada 2017. Musim ini ditandai dengan pergantian pelatih yang dramatis: Eduardo Pérez dipecat pada November setelah hasil imbang melawan Arema, meninggalkan tim di peringkat ke-8 dengan 4 kemenangan, 4 hasil imbang, dan 3 kekalahan dari 11 pertandingan. Mantan pemain dan asisten pelatih, Uston Nawawi, kemudian ditunjuk sebagai pelatih kepala interim. Pada 22 Desember 2025, Persebaya mengumumkan Bernardo Tavares sebagai pelatih kepala baru setelah kepergiannya dari PSM Makassar. Selain itu, klub aktif melakukan transfer dan menjalani pertandingan pramusim serta Liga Super, dengan statistik per 25 Januari 2025 menunjukkan tim masih berjuang di papan tengah klasemen.