สโมสรฟุตบอลอยุธยา ยูไนเต็ด ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2550 ภายใต้ชื่อ "สโมสรฟุตบอลเทศบาลเมืองเสนา" ก่อนจะเปลี่ยนชื่อเป็นอยุธยา ยูไนเต็ด ในปี พ.ศ. 2559 เมื่อเลื่อนชั้นสู่ลีกอาชีพ (ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2) หลังจากเริ่มต้นจากฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ค. และ ข. ตามลำดับ

สโมสรเติบโตขึ้นอย่างต่อเนื่อง คว้าอันดับสามในไทยลีก 3 ฤดูกาล 2561 และรองชนะเลิศไทยลีก 2 ฤดูกาล 2567–68 ทำให้ได้เลื่อนชั้นสู่ไทยลีก (ลีกสูงสุดของประเทศ) เป็นครั้งแรกในฤดูกาล 2568–69 โดยจบอันดับ 10 และผ่านถึงรอบรองชนะเลิศไทยเอฟเอคัพ ซึ่งเป็นผลงานที่ดีที่สุดในประวัติศาสตร์สโมสร

สโมสรมีฉายาว่า "นักรบอโยธา" ใช้สนามกีฬาจังหวัดพระนครศรีอยุธยาเป็นสนามเหย้า และมีคู่แข่งร่วมจังหวัด ได้แก่ อยุธยา พีเค, อโยธยา วอร์ริเออร์ และภาชี ซิตี้