מוזיאון העיר סקופיה נוסד בשנת 1949 וממוקם מאז 1970 בחלקה המחודש של תחנת הרכבת הישנה של העיר, אשר נהרסה חלקית ברעידת האדמה ההרסנית של 1963. המוזיאון פועל כמוסד רב-תחומי המקיף ארכאולוגיה, היסטוריה, אתנולוגיה ותולדות האמנות, וכולל כ-21,950 פריטים המחולקים למחלקות שונות, כולל ארכיטקטורה, אורבניזם, חינוך וצילום. בין האוספים הבולטים: תרומת 182 התצלומים של הצלם המקדוני בלגויה דרנקוב, ואוסף של 159 עבודות (בעיקר צבעי מים) שתרם הצייר ליובומיר בלוגסקי ב-1991, שהוביל להקמת גלריה מיוחדת על שמו במוזיאון. הגלריה מציגה את יצירותיו של בלוגסקי באופן קבוע, תוך שימור מורשתו, והיא נחשבת לראשונה מסוגה במקדוניה הצפונית. כיום המוזיאון משמש כמרכז תרבותי פעיל המציע מחקר שיטתי ותערוכות ציבוריות, המחבר בין עברה ההיסטורי של סקופיה להווה העירוני שלה.