ב-3 באפריל 2017 ביצע מחבל מתאבד פיגוע תופת ברכבת התחתית של סנקט פטרבורג, בין תחנות כיכר סנאיה והמכון הטכנולוגי, באמצעות מטען חבלה עמוס מסמרים שהתפוצץ בקרון השלישי. בפיגוע נהרגו 15 בני אדם ונפצעו עשרות, והוא היה הראשון בתולדות המערכת שבו נרשמו הרוגים. המחבל זוהה כאכברג'ון ג'לילוב, אזרח רוסי יליד קירגיזסטן, שפעל מטעם המדינה האסלאמית. בעקבות הפיגוע נסגרו כל תחנות המטרו זמנית, הוכרזו שלושה ימי אבל בעיר, ונשיא רוסיה ולדימיר פוטין הניח פרחים באתר. בנוסף, מטען חבלה נוסף נוטרל בתחנת כיכר המרי, ואמצעי הביטחון הוגברו בערים שונות ברוסיה ומחוצה לה.