สโมสรฟุตบอลชลบุรี เริ่มต้นจากทีมเยาวชนของโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา ต่อมาได้พัฒนาเป็นทีมจังหวัดชลบุรีลงแข่งขันโปรลีกในปี 2543 และเลื่อนชั้นขึ้นสู่ไทยลีกในปี 2548 ภายใต้การคุมทีมของ จเด็จ มีลาภ สโมสรสร้างประวัติศาสตร์คว้าแชมป์ไทยลีกในฤดูกาล 2550 นับเป็นสโมสรจังหวัดแรกของประเทศไทยที่ทำได้ พร้อมสิทธิ์เข้าร่วมเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีกในปี 2551 แม้จะตกรอบแบ่งกลุ่ม แต่ผลงานเสมอกัมบะ โอซากะ และชนะเมลเบิร์น วิกตอรี สร้างชื่อเสียงในระดับเอเชีย ต่อมาในปี 2551 สโมสรได้จดทะเบียนเป็นบริษัท และแม้ไม่สามารถป้องกันแชมป์ได้ แต่ยังได้รองชนะเลิศไทยลีกหลายครั้ง โดยในปี 2552 เกียรติศักดิ์ เสนาเมือง เข้ามารับตำแหน่งหัวหน้าผู้ฝึกสอน แต่ทีมยังจบฤดูกาลด้วยตำแหน่งรองชนะเลิศอีกสมัย