El Equipo de Reservas del Club Cienciano, más conocido como Cienciano B, es la filial más alta del club cusqueño y debutará en la temporada 2025 en la Liga 3, la tercera categoría del fútbol peruano. Su clasificación histórica se logró en el Torneo de Reservas 2024, al eliminar al Carlos Mannucci en octavos (global 3-2) y llegar a cuartos de final, donde cayó ante Alianza Lima. El conjunto tuvo una trayectoria irregular desde su primera participación en 2010, donde fue último, y dejó de competir tras el descenso del primer equipo en 2015; su regreso en 2020 coincidió con la cancelación del torneo por la pandemia de COVID-19. Mostró una clara mejoría en los últimos años, quedando tercero de su grupo en 2022 por diferencia de goles y fallando por un solo punto la clasificación en 2023. Juega de local en el estadio Thomas E. Payne, en Pisac (Calca), y protagoniza el 'Clásico del Sur de Reservas' frente al FBC Melgar, cuyo primer duelo en 2010 terminó con victoria por 2-1 a favor de Cienciano.