קבוצת הנשים של באיירן מינכן, המשחקת בבונדסליגה לנשים, הוקמה רשמית בשנת 1970, אף שנשים שיחקו במועדון כבר מ-1967, אך בשל איסור פדרציית הכדורגל הגרמנית על כדורגל נשים עד אותה שנה, נרשמה הקבוצה רק אז. הקבוצה זכתה באליפות המדינה הראשונה שלה כבר ב-1976, והייתה ממייסדות הבונדסליגה ב-1990, אם כי ירדה ליגה לאחר שתי עונות וחזרה לליגה הבכירה רק בשנת 2000. ההישג הגדול הראשון בעידן המודרני היה זכייה בגביע הגרמני ב-2012 (ניצחון 2:0 על איינטרכט פרנקפורט), ובשנת 2015 חגגה אליפות בונדסליגה ראשונה בתולדותיה ללא הפסד, וזכתה שוב באליפות בעונה שלאחר מכן. בעונת 2020/21 זכתה שוב באליפות בפער של 2 נקודות מיריבתה הגדולה וולפסבורג, והגיעה עד לחצי גמר ליגת האלופות, שם הפסידה לצ'לסי. נכון להיום, מונה הקבוצה 8 אליפויות גרמניה וזכייה אחת בגביע, ומאז 2017 היא מארחת את משחקיה הביתיים בבאיירן קמפוס החדש.