El Bayern Múnich II es el equipo filial del famoso club alemán, y actualmente compite en la Regionalliga (cuarta división), jugando sus partidos como local en el histórico Grünwalder Stadion, con capacidad para 12,500 espectadores. Su función principal es servir de puente entre la cantera juvenil y el primer equipo, formando a jóvenes talentos de entre 18 y 23 años. En la Copa de Alemania, tuvo participaciones memorables, como su primera aparición en 1976-77 (perdiendo 5:3 ante el primer equipo) y su mejor actuación en 2004-05 llegando a cuartos de final, aunque desde 2008 los equipos reservas quedaron excluidos; además, fue finalista de la Copa Nacional de Aficionados en 1983 y 1987, perdiendo ante el FC Homburgo y el MSV Duisburgo respectivamente. En su historia liguera, logró su primer título importante al ganar la Regionalliga en 2004, y en 2005 cambió su nombre de Amateur a II. Tras ascender a la 3. Liga en 2008, sufrió el descenso en la temporada 2010-11, poniendo fin a una era con el entrenador Hermann Gerland. Finalmente, en la temporada 2012-13 ganó la Regionalliga Bayern, pero perdió la promoción a la 3. Liga contra el Fortuna Colonia en 2014.