מעצר מנהלי הוא מעצר המוטל על ידי הרשות המבצעת (כגון שר הביטחון) ללא צו בית משפט, ואינו נועד לחקירה או משפט, אלא מטעמי ביטחון המדינה. בישראל, סמכות זו נשענת על תקנות ההגנה משנת 1945 ועל חוק סמכויות שעת חירום משנת 1979, המאפשר לשר הביטחון לעצור אדם עד שישה חודשים (עם אפשרות הארכה), תוך ביקורת שיפוטית בדלתיים סגורות וערעור לבית המשפט העליון. השימוש במעצר מנהלי עורר מחלוקת גדולה, החל מהמעצר של חברי "ברית הקנאים" ב-1951, שבו תקף מנחם בגין את החוק כ"נאצי", ועד לשימוש הנרחב ביהודה ושומרון, שם חלים כללים צבאיים שונים (כגון ביקורת שיפוטית תוך 8 ימים). היקף השימוש משתנה: באינתיפאדה הראשונה נעצרו אלפי פלסטינים, ובאפריל 2022 עמד מספר העצירים על 581, כולל אזרחים ישראלים. ארגוני זכויות אדם מבקרים מעצר זה בשל הפגיעה בהליך הוגן, ולאחר פיגועי 11 בספטמבר אימצה ארצות הברית מנגנון דומה בחוק הפטריוט. מהותו המשפטית החריגה היא שהמעצר הוא התכלית עצמה – העצור נחשב חף מפשע, אך מוחזק ללא כתב אישום.