Flemming Pedersen (født 30. juni 1963) er en dansk fodboldtræner, der i dag fungerer som teknisk direktør for FC Nordsjælland. Han startede som ungdomsspiller i Tikøb IF og Helsingør IF, hvor han vandt Y-DM i 1980 og 1981, men valgte allerede som 18-årig i 1982 at fokusere på trænergerningen. Efter flere roller i FC Nordsjælland fulgte han i 2014 Kasper Hjulmand til Mainz 05, og efter et ophold i Brentford F.C. vendte han tilbage til FC Nordsjælland som teknisk direktør i 2017. I marts 2019 overtog han cheftrænerposten, hvor hans første sejr først kom i det tiende forsøg den 25. maj 2019 med en 3-1-sejr over F.C. København. Den 7. januar 2023 trådte han tilbage som cheftræner for at genindtage rollen som teknisk direktør for både FC Nordsjælland og Right to Dream, mens Johannes Hoff Thorup overtog trænerposten.