قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا عالی‌ترین نهاد فرماندهی نظامی ایران است که در آذر ۱۳۶۲ و در بحبوحه جنگ ایران و عراق، برای هماهنگی میان ارتش و سپاه پاسداران تأسیس شد. فرماندهی این قرارگاه ابتدا بر عهده سید علی خامنه‌ای بود، اما یک ماه پیش از عملیات خیبر، اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان جانشین فرمانده کل قوا، هدایت عملیاتی آن را بر عهده گرفت. در سال‌های پایانی جنگ، این قرارگاه نظارت عالیه بر تمامی عملیات‌های گسترده مانند خیبر را داشت و فرماندهی واحدهای سپاه، ارتش، ژاندارمری و جهاد سازندگی را یکپارچه می‌کرد. با وجود این هدف، نتوانست اختلافات ارتش و سپاه را کاملاً حل کند و در نهایت به ایجاد ستاد کل نیروهای مسلح در سال ۱۳۷۰ انجامید. گفتنی است که از سال ۱۴۰۴ به دستور رهبر، این قرارگاه در حال ادغام در ستاد کل است و دو نهاد همنام دیگر (سازندگی و پدافند هوایی) نیز که ابتدا بازوی اجرایی آن بودند، اکنون به‌صورت مستقل فعالیت می‌کنند.