Το έγκλημα στην Ινδονησία εκδηλώνεται με ποικίλες μορφές, από κλοπές και απάτες έως πορνεία και διαφθορά, επηρεάζοντας τόσο τους κατοίκους όσο και τους επισκέπτες. Οι τουρίστες συχνά πέφτουν θύματα μικροκλοπών και απατών με ψεύτικα ταξί, ενώ στο Μπαλί είναι συνηθισμένη η απάτη στην ανταλλαγή χρημάτων, όπου οι δράστες κρύβουν χαρτονομίσματα ενώ μετρούν μεγάλες στοίβες. Η πορνεία είναι παράνομη αλλά ανεκτή και διαδεδομένη, με τη UNICEF να εκτιμά ότι το 30% των ιερόδουλων είναι κάτω των 18 ετών, ενώ ο παιδικός σεξουαλικός τουρισμός αποτελεί σοβαρό πρόβλημα σε Μπαλί και Μπατάμ. Η διαφθορά αποτελεί αυξανόμενο ζήτημα, ιδιαίτερα στη δικαιοσύνη και τις δημόσιες υπηρεσίες, ενώ η Διεθνής Αμνηστία έχει αναφέρει και περιστατικά αστυνομικής βίας. Μια χαρακτηριστική μορφή βίας είναι το Tawuran, μαζικές συμπλοκές μεταξύ σχολικών συμμοριών στην Τζακάρτα, που συχνά λειτουργούν ως μηχανισμός εκτόνωσης του άγχους. Τέλος, η Ινδονησία έχει εκτελέσει άτομα για ανθρωποκτονίες, ενώ από τον Μάρτιο του 2008 η παρακολούθηση πορνογραφικού υλικού είναι παράνομη.