The Legend of Zelda: Ocarina of Time Master Quest es una edición especial que se entregó como extra al reservar The Legend of Zelda: The Wind Waker para GameCube, disponible en países como Estados Unidos, Japón y España antes del lanzamiento de este último, mientras que en Europa venía incluida en la misma caja. Aunque conserva la historia original de Ocarina of Time, presenta mazmorras modificadas, enemigos más poderosos, objetos reubicados y rompecabezas alterados, lo que hace que el conocimiento del juego previo pueda ser contraproducente. Este proyecto surgió originalmente como Ura Zelda, un fallido plan para el periférico 64DD de Nintendo 64. Posteriormente, el juego fue relanzado en The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D para Nintendo 3DS, donde tras completar la aventura se puede elegir entre esta versión modificada o la original de Nintendo 64.