Aalesunds Fotballklubb Kvinner har røtter tilbake til 25. august 1991, da klubben ble stiftet som FK Fortuna Ålesund av en utbrytergruppe fra Sportsklubben Guard. Etter å ha tatt over plassen til Spjelkavik IL i 1995, etablerte laget seg på nest øverste nivå, og i 2009 fikk de endelig sin første sesong i Toppserien – men rykket ned med kun tre poeng. En betydelig milepæl kom i 2020, da klubben inngikk et samarbeid med storebroren Aalesunds FK, byttet navn til AaFK Fortuna og overtok AaFKs drakter. Nå har begge klubbenes årsmøter vedtatt at laget skal bli en permanent del av Aalesunds Fotballklubb fra 1. januar 2026. Gjennom historien har klubben hatt kjente trenere som den tidligere landslagsspilleren Tone Haugen og islandske Helena Ólafsdóttir. I dag spiller laget sine hjemmekamper på Color Line Stadion, og etter å ha pendlet mellom andre og tredje nivå, er målet å etablere seg på høyeste nivå fremover.