Eskişehirspor, 19 Haziran 1965'te Eskişehir'de üç yerel kulübün (Akademi Gençlik, İdmanyurdu, Yıldıztepe) birleşmesiyle kuruldu; ilk başkanı iş insanı Aziz Bolel oldu ve amblemindeki üç yıldız bu kulüpleri simgeler. Kulübün kuruluş fikri, 1963'te Eskişehir İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'nin Ege Üniversitesi'ni 6-0 yenmesiyle doğdu; renkler ise Gençlerbirliği ve TFF Başkanı Orhan Şeref Apak'a duyulan vefa ile Fransa'daki Rennes takımının formalarından ilham alınarak siyah-kırmızı olarak belirlendi. 1965-66 sezonunda 2. Lig'de şampiyon olarak Süper Lig'e yükselen kulüp, 1970-71'de Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı kazanıp "Anadolu Devrimi"nin simgesi oldu; bu başarılarla toplam 6 kupa kazanarak Türkiye'nin en çok kupaya sahip 5. takımı konumuna geldi. Ancak 1975 sonrası mali sorunlar ve yönetim istikrarsızlıklarıyla düşüşe geçen kulüp, 1981-82 sezonunda Süper Lig'den düştü ve 2001'de 2. Lig B Kategorisi'ne kadar geriledi. Taraftarının desteğiyle yeniden toparlanan Eskişehirspor, 2007-08 sezonunda 1. Lig Play-off finalinde Boluspor'u yenerek şampiyon oldu ve günümüzde 3. Lig'de mücadele etmeye devam etmektedir.