อินโดนีเซียแบ่งเขตการปกครองระดับสูงสุดออกเป็น 38 จังหวัด ซึ่งแต่ละจังหวัดแบ่งย่อยเป็นอำเภอและนคร โดยมี 9 จังหวัด ที่ได้รับสถานะพิเศษ เช่น อาเจะฮ์ที่ใช้กฎหมายชะรีอะฮ์เป็นกฎหมายภูมิภาค จาการ์ตาในฐานะเมืองหลวง และยกยาการ์ตาที่มีสุลต่านฮาเมงกูบูโวโนเป็นผู้ว่าราชการ ขณะที่จังหวัดในภูมิภาคปาปัวหลายแห่งได้รับสถานะพิเศษเพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืน จังหวัดทั้งหมดถูกจัดกลุ่มอย่างเป็นทางการเป็น 7 หน่วยทางภูมิศาสตร์ ในอดีตตอนประกาศเอกราชอินโดนีเซียมีเพียง 8 จังหวัด และต่อมาได้มีการยุบรวมและแบ่งพื้นที่ตั้งจังหวัดใหม่ รวมถึงติมอร์ตะวันออกที่เคยเป็นจังหวัดระหว่าง ค.ศ. 1976–1999 ก่อนได้รับเอกราชใน ค.ศ. 2002 นอกจากนี้ยังมีแผนจัดตั้งจังหวัดปาปัวกลางโดยให้ตีมีกาเป็นเมืองหลัก แต่ถูกยกเลิกใน ค.ศ. 2001