מגפת הקורונה הגיעה למקדוניה הצפונית בסוף פברואר 2020, כאשר המקרה הראשון אובחן ב-26 בפברואר באישה בת 49 שחזרה מאיטליה. במרץ ננקטו צעדים מחמירים: נסגרו מוסדות חינוך, נאסרו התקהלויות, ובהמשך נסגרו שני שדות התעופה הבינלאומיים (סקופיה ואוחריד) ונאסרה כניסת זרים. ב-18 במרץ הכריז הנשיא סטבו פנדרובסקי על מצב חירום לאומי, לראשונה בתולדות המדינה, ובעקבותיו הוטל עוצר לילי החל מ-21 במרץ. ב-22 במרץ נרשם מקרה המוות הראשון - אישה בת 57 בבית חולים בקומאנובו, ושר הבריאות ואנקו פיליפשה ניהל את המאבק במגפה. עוד לפני ההתפרצות, כבר בסוף ינואר, הותקנו מצלמות תרמיות בשדה התעופה בסקופיה, ובתחילת פברואר הובאו ערכות בדיקה מסרביה, תוך שיתוף פעולה עם ארגון הבריאות העולמי. הבחירות המוקדמות לפרלמנט, שנקבעו ל-12 באפריל, נדחו עקב המגפה.