A fertőzés idegen faj káros megtelepedése a gazdaszervezetben, ahol a kórokozó (baktérium, gomba, vírus, parazita vagy akár prion) a gazda erőforrásait használja fel. A vírusok különlegesek, mert csak élő sejtekben képesek szaporodni, és gyakran elpusztítják azokat. Az orvostudományban az infektológia, epidemiológia, immunológia és mikrobiológia foglalkozik ezzel. Fontos, hogy a szimbiózis és a fertőzés közötti határ nem éles, hiszen például a bélrendszer baktériumai ártalmatlanok, de más körülmények között kórokozóvá válhatnak. A fertőzés kimenetele függ a kórokozó bejutási módjától, virulenciájától, mennyiségétől és a gazda immunrendszerének állapotától. A megelőzésben kiemelt szerepe van a műtéti szisztémás antibiotikum profilaxisnak (SZAP), amely a műtéti területen tartja fenn az effektív antibiotikum-koncentrációt, mivel a sebfertőzések nagy része a beteg saját flórájából (endogén) származik, és például a Staphylococcus aureus nagyobb eséllyel okoz infekciót.