وكيل الأزهر هو الرجل الثاني في المؤسسة والمدير التنفيذي لها، ويُعيّن بقرار من رئيس الجمهورية لمدة عام قابل للتجديد، ويتمتع بدرجة وزير. يتولى الإشراف المباشر على قطاعات الأزهر المختلفة (المعاهد الأزهرية ومجمع البحوث الإسلامية)، ويشارك في صياغة اللوائح وضمان مطابقة القرارات الإدارية للقانون 103 لسنة 1961. يشرف على تطوير المناهج التعليمية ويراقب سير الامتحانات الوطنية (الثانوية الأزهرية) ويعتمد نتائجها، كما ينسق الأنشطة الدعوية والفتوى. يدير الموارد المالية للأزهر، ويُعد الموازنة السنوية ويعرضها على وزارة المالية، ويراقب أوجه الصرف ويدير الأوقاف والمنح لخدمة رسالة الأزهر. يشغل المنصب حاليًا الشيخ أيمن عبد الغني (قائم بالأعمال) منذ 19 أبريل 2026.