Fenomena El Nino 2009 melanda Malaysia dari April hingga September, membawa cuaca panas dan kering yang melampau, dengan suhu tertinggi 36.1 darjah Celsius direkodkan di Stesen Meteorologi Petaling Jaya pada 17-18 April 2009. Jabatan Meteorologi Malaysia mengaitkan keadaan ini dengan musim peralihan monsun dan perubahan arah tiupan angin dari timur ke barat, yang turut menyebabkan krisis air di Lembah Klang. Pada 3 Ogos 2009, lapan bahagian di Sarawak terjejas teruk, termasuk Kuching, Samarahan, dan Bintulu, dengan taburan hujan berkurangan lebih 50%, mendorong usaha pembenihan hujan di kawasan tadahan. Sebagai perbandingan, rekod suhu tertinggi sejak 1968 ialah 40.1 darjah Celsius di Stesen Chuping pada 9 April 1998, semasa El Nino 1998. Fenomena ini berbeza dengan La Nina yang membawa cuaca sejuk dan hujan lebat, manakala El Nino pula menyebabkan kemarau teruk.