2016年のJリーグは、若手育成の新制度としてFC東京やガンバ大阪などの「U-23チーム」がJ3リーグに参戦し、J3の開催方式もJ1・J2と同じホーム&アウェー2回戦制へと変更されました。また、Jサテライトリーグの再開や、ユニフォームの背中下部への広告掲出解禁など、大会運営面でも新たな試みが行われました。

シーズン中には、4月に発生した熊本地震の影響で複数の試合が延期・中止となり、ロアッソ熊本はホームスタジアムを変更せざるを得ませんでしたが、Jリーグは義援金1000万円を拠出して支援しました。同年7月には、動画配信大手「DAZN」と2017年から10年間、総額約2100億円という過去最大級の放送権契約を締結し、リーグの収益基盤を大きく強化しました。

戦績面では、J1のファーストステージを鹿島アントラーズ、セカンドステージを浦和レッズが制し、J2は北海道コンサドーレ札幌、J3は大分トリニータが優勝を飾りました。さらに、清水エスパルスがJ2で8-0と圧勝し、リーグ最多得点差タイ記録を樹立するハイライトもありました。この年の終わりには、2017年シーズン以降のJ1を単一ステージ制へ戻す方針が確認され、外国籍選手枠の拡大やサマーブレイク期間の創設など、リーグ改革の具体的な議論が始まりました。