יחסי ישראל–סן מרינו מתאפיינים בקשרים דיפלומטיים יציבים, כאשר סן מרינו מחזיקה קונסוליה כללית ראשית בסביון (שנפתחה ב-2004) וקונסוליה נוספת בהרצליה (שנפתחה ב-2003), בעוד ששגרירות ישראל באיטליה משמשת גם כשגרירותה בסן מרינו. שתי המדינות חתמו על הסכם ביטול אשרות הדדי כבר ב-1977 ועל הסכם העלאת דרג היחסים ב-1995. שר החוץ הישראלי דאז, אביגדור ליברמן, נפגש עם שרת החוץ הסן מרינזית אנטונלה מולרוני ב-2011, ובשנת 2012 הפך לפוליטיקאי הישראלי הראשון שביקר בסן מרינו, שם חנך בית חולים ליולדות ונטע עץ זית כסמל לידידות. ביולי 2018 ביקרו בישראל שני הקפיטנים העוצרים (ראשי המדינה) של סן מרינו במסגרת ביקור לא רשמי. עם זאת, בספטמבר 2025 הכירה סן מרינו רשמית במדינה פלסטינית, לאחר שהביעה נכונות לכך כבר ביולי אותה שנה, צעד שעשוי להשפיע על עתיד היחסים בין המדינות.