A Győri ETO FC 2012–2013-as szezonja a klub 69. idénye volt a magyar első osztályban, amely egybeesett a fennállásának 108. évfordulójával. A bajnokság 2012 júliusától 2013 júniusáig tartott, és a csapat az OTP Bank Ligában szerepelt. A szezon legnagyobb sikerét a Magyar Kupában érte el, ahol egészen a döntőig jutott, de ott a Debreceni VSC bizonyult jobbnak. A Ligakupában a negyeddöntő jelentette a végállomást, miután az Egri FC összesítésben 7–4-re győzött ellenük. A bajnoki tabellán elért pontos helyezés nem szerepel a cikkben, de a csapat több fronton is eredményesen szerepelt, ami sikeres idényt jelez. Összességében a Győri ETO a kupadöntővel és a ligakupa-negyeddöntővel bizonyította erejét a hazai porondon.