بایرن-مونیخ یکی از ایالتهای تشکیلدهندهٔ امپراتوری مقدس روم بود که از سال ۱۳۹۲ تا ۱۵۰۵ میلادی، پس از تقسیم اراضی خاندان ویتلبساخ میان فرزندان استفان دوم، شکل گرفت و یوهان دوم بنیانگذار این سلسله شد که مونیخ را به یک تختگاه سیاسی پرنفوذ تبدیل کرد. قرن پانزدهم برای این دوکنشین پر از درگیریهای برادرکشی و رقابت با شاخهٔ رقیب یعنی بایرن-اینگولشتات بود که در نهایت با دیپلماسی هوشمندانه، بخشهایی از بایرن-اشتراوبینگ را در سال ۱۴۲۹ به خاک خود ضمیمه کرد. در عصر آلبرشت چهارم ملقب به «آلبرشت خردمند»، مونیخ وارد دوران شکوفایی فرهنگی و هنری شد و بناهای نمادینی همچون کلیسای جامع فرائنکیرشه با گنبدهای پیازی شکل در آن ساخته شد. استقلال این دوکنشین با وقوع جنگ جانشینی لاندسهوت در سال ۱۵۰۳ و پیروزی آلبرشت بر شاخهٔ پالاتینات به پایان رسید. سرانجام با صدور فرمان «پریموژنیتور» (قانون حق ارشدیت) در سال ۱۵۰۶، آلبرشت به چندپارگی بایرن پایان داد و تمام اراضی را تحت مرکزیت مونیخ متحد کرد و این شهر را برای همیشه به عنوان پایتخت ابدی سرزمین بایرن تثبیت نمود.