Jan-Gunnar Winther (født 21. juni 1962) er en norsk polarforsker og hydrolog, best kjent som direktør for Norsk Polarinstitutt fra 2005 til 2017, og leder i dag Senter for hav og Arktis ved UiT Norges arktiske universitet. Med doktorgrad i polar hydrologi fra NTH (1993) har han hatt en lang akademisk karriere, blant annet ved Universitetssenteret på Svalbard og EPFL, og har også vært nestleder i regjeringens ekspertgruppe for nordområdene. Winther har ledet flere spektakulære ekspedisjoner, som den norsk-amerikanske sydpolsekspedisjonen i 2007–09, og i 2011 deltok han i jubileumsekspedisjonen til Sørpolen sammen med blant andre Vegard Ulvang – nøyaktig 100 år etter Roald Amundsen – som en del av Nansen-Amundsen-året han selv tok initiativ til. Han har også tatt initiativ til Grunnlovsseilasen med skonnerten Anna Rogde (2014), innfrysningen av forskningsfartøyet Lance i Polhavet (2015), og deltok i den olympiske fakkelstafetten ved Nordpolen for OL i Sotsji i 2013. Med over 70 vitenskapelige artikler og bøker som «Klimagåten Antarktis» har han en rekke tunge internasjonale verv, blant annet som hovedforfatter i FNs klimapanel og medlem av Verdens økonomiske forums havnettverk.