Der 1. FC Köln II (auch U21 genannt) ist die zweite Mannschaft des Bundesligisten und dient jungen Talenten als Sprungbrett in den Profifußball – so schafften etwa Timo Horn und Jonas Hector den Aufstieg. Seit der Saison 2008/09 spielt das Team durchgängig in der viertklassigen Regionalliga West, nachdem die Ursprünge als Amateurteam in die 1960er Jahre zurückreichen. Der größte Erfolg der Vereinsgeschichte war der Gewinn der deutschen Amateurmeisterschaft 1981 unter Trainer Erich Rutemöller, hinzu kommen viermal der Mittelrheinpokal und zweimal der Meistertitel in der Oberliga Nordrhein. Im DFB-Pokal nahm die U21 zehnmal teil und erreichte dreimal die zweite Runde; kurios war das Spiel 2004/05 gegen den VfL Wolfsburg, das nachträglich für Köln gewertet wurde, weil Wolfsburg einen nicht spielberechtigten Akteur einsetzte. Ihre Heimspiele trägt die Mannschaft im Franz-Kremer-Stadion aus (5.457 Plätze), das 1977 nach dem Gründungsmitglied und Ex-Präsidenten Franz Kremer benannt wurde und auch der U17 und U19 als Heimspielstätte dient.