大分トリニータは、大分県全域（大分市・別府市・佐伯市を中心に）をホームタウンとするJリーグのプロサッカークラブで、1999年にJリーグへ加盟しました。

クラブ名は「三位一体」を意味する英語「Trinity」と「大分」を組み合わせた造語で、県民・企業・行政が一致団結するという意味が込められています。

1994年に「大分トリニティ」として発足し、1996年に旧JFL（ジャパンフットボールリーグ）へ昇格。1999年のJ2参入時には商標登録の関係から現在の「大分トリニータ」へ改称しました。

2002年にJ2優勝を果たしてJ1昇格を達成し、2005年にブラジル人のペリクレス・シャムスカ監督が就任するとチームは急速に復調し、「シャムスカマジック」と呼ばれる奇跡の残留を達成。2006年には当時クラブ最高位となる8位を記録しました。

2008年は主力の家長昭博の大怪我をきっかけに金崎夢生が台頭し、西川周作らを擁する堅守で健闘しました。

また、クラブのマスコットは亀の「ニータン」とウサギの「リッジー」で、2006年にはエンブレムを一新して略称を「FC大分」に変更。2019年には大手会議室運営のTKPが株式20%を取得して筆頭株主となり、資本・業務提携を行いました。