แอฟริกาคัพออฟเนชันส์ 2019 รอบแพ้คัดออก จัดขึ้นระหว่างวันที่ 5-19 กรกฎาคม 2019 โดยมี 16 ทีมที่ผ่านเข้ารอบจากรอบแบ่งกลุ่ม (2 อันดับแรกของแต่ละกลุ่ม 6 กลุ่ม และ 4 ทีมอันดับสามที่ดีที่สุด) มาแข่งขันแบบแพ้คัดออก รอบชิงชนะเลิศจัดที่สนามกีฬาแห่งชาติไคโร ประเทศอียิปต์ หากเสมอกันใน 90 นาที จะต่อเวลาพิเศษ 30 นาที และดวลลูกโทษถ้ายังเสมอ ยกเว้นรอบชิงอันดับสามที่ดวลลูกโทษทันที ทีมที่ผ่านเข้ารอบ ได้แก่ โมร็อกโก เบนิน ยูกันดา เซเนกัล ไนจีเรีย แคเมอรูน อียิปต์ แอฟริกาใต้ มาดากัสการ์ สาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก แอลจีเรีย กินี มาลี โกตดิวัวร์ กานา และตูนิเซีย รอบรองชนะเลิศมีเซเนกัลพบตูนิเซีย และแอลจีเรียพบไนจีเรีย โดยแอลจีเรียและไนจีเรียเข้าสู่รอบชิงชนะเลิศ