Las ruinas de la primitiva iglesia de Santa María de la Mesa en Zahara de la Sierra tienen su origen en 1407, cuando tras la conquista por el infante don Fernando de Antequera, la antigua mezquita musulmana fue bendecida como iglesia por el obispo de Palencia, don Sancho de Rojas, recibiendo inicialmente el título de Santa María de la Concepción. Las excavaciones arqueológicas dirigidas por Luis Mª Cobos confirman las estructuras musulmanas bajo el templo, y su advocación actual probablemente fue importada de Utrera por la familia Saavedra, señores de la villa entre 1464 y 1481. El edificio era de planta rectangular, con dos naves, cubierta mudéjar a dos aguas y una cabecera poligonal gótica, destacando una cúpula o media naranja sobre la capilla mayor dedicada al Santísimo Sacramento. Durante el siglo XVII, el traslado de la población provocó el abandono progresivo de la iglesia, ya que los fieles prefirieron las ermitas de San Juan de Letrán y San Francisco, llegando los visitadores eclesiásticos a obligar al sacristán a dormir en ella para evitar su total desuso. A pesar de numerosas reparaciones a lo largo de los siglos XVII y XVIII (como las de 1637 o 1679), para 1704 solo se celebraban allí las funciones de Semana Santa y Corpus, y en 1730 se decidió construir una nueva iglesia en el nuevo emplazamiento de la villa, lo que selló el destino de estas ruinas.