Heybeliada Ruhban Okulu, 1844 yılında Fener Rum Patriği IV. Germanos tarafından Heybeliada'da din adamı yetiştirmek amacıyla kurulmuş tarihi bir yüksekokuldur. Atina Üniversitesi'nden sonra bu alanda açılan ilk akademik okul olan kurum, 1971'e kadar yaklaşık 1000 mezun vermiş ve bu mezunlardan 12'si (günümüz Patriği I. Bartholomeos dahil) Fener Rum Patrikhanesi'nde patrik olarak görev yapmıştır. Okulun bünyesinde 120.000'den fazla kitap içeren zengin bir kütüphane bulunmakta ve 1950'lerde yabancı öğrencilere de kapılarını açmıştır. Ancak 1971 yılında Türkiye'deki tüm özel yüksekokulların devlet denetimine girmesini öngören yasa, Patrikhane'nin bu değişikliği kabul etmemesi nedeniyle okulun teoloji eğitimine son vermesine yol açmıştır. Kısa bir süre lise olarak eğitim verdikten sonra 1972'de tamamen kapatılan okul, bugün hala tartışılan önemli bir dini ve tarihi miras olarak gündemdeki yerini korumaktadır.