Trabzonspor'un 2007-08 sezonu, Süper Lig, Türkiye Kupası ve Intertoto Kupası'nda mücadele ettiği zorlu bir yıl oldu. Intertoto Kupası'nda Vllaznia Shkodër'i 6-0 ve 4-0 yenerek Avrupa tarihindeki en farklı galibiyetini elde etti, ancak Oțelul Galați'ye toplamda 4-2 elenerek kupaya veda etti. Ligde Sivasspor maçındaki olaylar nedeniyle 5 maç seyircisiz oynama ve 3-0 hükmen yenilgi cezası alan takım, Beşiktaş maçı sonrası teknik direktör Ziya Doğan'ın istifasıyla Ersun Yanal'ı göreve getirdi. Devre arasında yapılan kongrede Sadri Şener başkan seçilirken, Gökdeniz Karadeniz 8.7 milyon €'ya Rubin'e satıldı ve Ersen Martin transferi FIFA kararıyla Recreativo'ya gerçekleşti. Sezonun son maçında Fenerbahçe'yi yenerek 7 yıl sonra ilk derbi galibiyetini alan Trabzonspor, Türkiye Kupası'nda ise grubu üçüncü bitirerek elendi; takım sezon boyunca 77 sarı ve 7 kırmızı kart görürken, gollerini en çok 31-45. dakikalar arasında buldu.