Ο Αθλητικός Όμιλος Χανιά, που ιδρύθηκε το 1945 και έχει ως χρώματα το μπλε και το λευκό, υπήρξε το δημοφιλέστερο και ιστορικότερο ποδοσφαιρικό σωματείο της πόλης. Το ανδρικό του τμήμα έφτασε πιο κοντά στην άνοδο στην Α΄ Εθνική τη σεζόν 1971-72, όταν κατετάγη τρίτος στη Β΄ Εθνική, ενώ μετρούσε συνολικά δεκάδες συμμετοχές σε Β΄, Γ΄ και Δ΄ Εθνική. Μετά από μια βαριά κρίση μεταξύ 1998 και 2006, που οδήγησε ακόμα και στην αδρανοποίησή του το 2004, ο σύλλογος αναγεννήθηκε χάρη στη δράση επιχειρηματιών όπως ο Νότης Ψυλλάκης και ο Σταύρος Πάτερος, επιστρέφοντας δυναμικά στα εθνικά πρωταθλήματα. Η κορύφωση ήρθε τη σεζόν 2009-10 με τον προπονητή Γιάννη Μαρκάκη, κατακτώντας τον τίτλο και ανεβαίνοντας στη Γ΄ Εθνική μετά από 18 χρόνια, ενώ μέχρι το 2017 αγωνίστηκε στις επαγγελματικές κατηγορίες με έδρα το Γήπεδο Περιβολίων. Σήμερα, ο ιστορικός σύλλογος διατηρεί μόνο το γυναικείο τμήμα ποδοσφαίρου, το οποίο μετέχει στη Γ΄ Εθνική Γυναικών.