Samsunspor'un 1978-79 sezonu, Türkiye 1. Futbol Ligi'ndeki dokuzuncu katılımıydı ve takım, sezonu küme düşerek tamamladı. Sezon boyunca teknik direktör değişiklikleri yaşandı; Yusuf Şimşek ile başlayan sezon, Eylül'de Nuri Asan, Kasım'da Yugoslav Abdulah Gegić ve Şubat'ta tekrar Nuri Asan ile devam etti. Takım, ilk yarıda 15 maçta 3 galibiyet, 6 beraberlik ve 6 mağlubiyet alırken, ikinci yarıda 3 galibiyet, 2 beraberlik ve 10 mağlubiyetle toplam 30 maçta 20 puan topladı. Bu sonuçlarla 16 takımlı ligde 15. sırada yer alan Samsunspor, Türkiye 2. Futbol Ligi'ne düştü. Önceki sezonu 13. sırada bitiren takım, bu sezonki kötü performansıyla ligin dibine demir attı.