Animacja niezależna to twórczość powstająca bez wsparcia wielkich korporacji, które często narzucają twórcom ograniczenia dotyczące fabuły, czasu antenowego czy reprezentacji. Przykładem ingerencji jest opóźnienie finału Płazowyżu przez Disney TVA z powodu sceny śmierci, a Netflix potrafi anulować seriale takie jak Scavengers Reign czy Korporacja konspiracja z powodu wymogów oglądalności. Szczególnie kontrowersyjna jest cenzura wątków LGBT+, czego przykładem jest skrócenie Sowiego Domu przez Disneya oraz zmiana w polskim dubbingu, gdzie "girlfriend" zastąpiono słowem "przyjaciółka". Historia współczesnej animacji niezależnej nabrała tempa w latach 90. i 2000. dzięki rozwojowi Internetu i programów takich jak Flash, które pozwoliły jednej osobie tworzyć filmy w domu. W tym okresie zasłynęli twórcy tacy jak Timothy Hittle, John R. Dilworth czy Lewis Klahr. Dzięki temu niezależni artyści mogą unikać korporacyjnej cenzury i tworzyć bardziej odważne, autorskie historie.