Ağalar Camii, Topkapı Sarayı'nın üçüncü avlusunda yer alan ve II. Mehmed döneminde inşa edilen sarayın en büyük camisidir. Başlangıçta Hünkâr Camii olarak anılan yapı, Enderun'daki zülüflü ağaların burada namaz kılması nedeniyle Ağalar Camii adını almış; padişahlar ve şehzadeler de burada ibadet etmiştir. 1881 yılına kadar ibadethane olarak kullanılan cami, daha sonra depo ve yemekhane olarak hizmet vermiş, 1925'teki kapsamlı onarımın ardından kütüphaneye dönüştürülmüştür. Günümüzde Topkapı Sarayı Yazma Eserler Kütüphanesi olarak kullanılan yapı, ortada yüksek ana ibadet mekânı ve iki yan bölümden oluşan üç birimli, beşik tonozlu ve kurşun kaplı bir mimariye sahiptir. Caminin arkasındaki Harem Mescidi'ne açılan pencereler sayesinde valide sultan ve haseki sultanlar, imamı görmeden namazlarını takip edebiliyordu. 18. yüzyılda büyük onarımlar geçiren yapı, 1910'da yıkılma tehlikesi atlatmış, 2005'teki restorasyonla özgün çinileri ve kapıları korunarak günümüze ulaşmıştır.