Urząd skarbowy to kluczowa jednostka Krajowej Administracji Skarbowej, na czele której stoi naczelnik – organ podatkowy pierwszej instancji, egzekucyjny oraz finansowy organ postępowania przygotowawczego. Od jego decyzji odwołujemy się do dyrektora izby administracji skarbowej, a do jego głównych zadań należą czynności sprawdzające, kontrola podatkowa i prowadzenie postępowań podatkowych. W systemie funkcjonują też wyspecjalizowane urzędy, w tym 20 wojewódzkich urzędów skarbowych powołanych 1 stycznia 2004 r., które obsługują największe podmioty, takie jak banki, fundusze inwestycyjne czy spółki giełdowe, a także firmy osiągające roczny przychód netto co najmniej 5 mln euro. Szczególną rolę odgrywa II Urząd Skarbowy Warszawa-Śródmieście, właściwy dla podatników zagranicznych, w tym m.in. dla obsługi usług elektronicznych oraz zwrotów VAT dla przedstawicielstw dyplomatycznych i instytucji Unii Europejskiej. Urzędy wojewódzkie noszą nazwy odpowiadające regionom, np. Dolnośląski czy Pomorski Urząd Skarbowy. Dzięki tej strukturze polski system podatkowy skutecznie rozdziela obsługę typowych podatników od bardziej skomplikowanych, międzynarodowych przypadków.