Η δεκαετία του 1990 αποτέλεσε τη χρυσή εποχή για το ποδοσφαιρικό τμήμα της ΑΕΚ, καθώς κατέκτησε τους περισσότερους τίτλους στην ιστορία της. Συγκεκριμένα, πανηγύρισε τρία διαδοχικά πρωταθλήματα (1991-92, 1992-93, 1993-94), δύο Κύπελλα Ελλάδας (1996, 1997) και το μοναδικό Λιγκ Καπ που διεξήχθη ποτέ στην Ελλάδα (1989-90). Στην Ευρώπη, ξεχώρισαν οι δύο συνεχόμενες προκρίσεις στα προημιτελικά του Κυπέλλου Κυπελλούχων (1996-97, 1997-98) και η πρώτη ιστορική συμμετοχή της στους ομίλους του Champions League (1994-95). Στο ελληνικό πρωτάθλημα, η κυριαρχία της ήταν απόλυτη στις αρχές της δεκαετίας υπό τον Ντούσαν Μπάγεβιτς, ενώ αργότερα διεκδίκησε τον τίτλο μέχρι τέλους, τερματίζοντας συχνά στη δεύτερη θέση πίσω από Ολυμπιακό ή Παναθηναϊκό. Στο Κύπελλο, εκτός από τις κατακτήσεις, έφτασε σε δύο ακόμη τελικούς (1994, 1995) χάνοντας από τον Παναθηναϊκό, με τον τελικό του 1994 να θεωρείται ένας από τους καλύτερους όλων των εποχών. Η μόνη απουσία της από την Ευρώπη ήταν την περίοδο 1990-91 λόγω τιμωρίας από επεισόδια οπαδών της σε αγώνα με τη Μαρσέιγ.