Inkubační doba představuje období mezi vstupem infekčního původce do organismu a prvními klinickými příznaky (u jedů se používá spíše termín doba latence). Nemoci se dělí na ty s krátkou inkubační dobou (hodiny až dny, např. chřipka či cholera) a s dlouhou (měsíce až roky, např. vzteklina, AIDS), přičemž u Creutzfeldtovy–Jakobovy nemoci může dosáhnout i více než 30 let. Délka inkubace je individuální a závisí na dávce infekce, rychlosti replikace patogenu, imunitě hostitele či věku – u dospělých bývá obvykle delší než u dětí. Tato doba je klíčová pro šíření nemocí; například u covid-19 může infikovaný vylučovat virus ještě před nástupem příznaků a u psů se virus vztekliny objevuje ve slinách 2–4 dny před prvními projevy. V jiných souvislostech se pojem používá také v zoologii (doba mezi snesením vajec a vylíhnutím mláďat) a v mikrobiologii (čas pro pomnožení mikroorganismu v laboratorních podmínkách).